煙氣在線監測設備在實際運行中在所難免會出現故障，那樣出現故障后怎樣處理，如何保障在線監控數據信息不會因機械故障而丟失，及其機械故障時長多久范圍之內恢復過來是我們應該注意的。
首先根據要求：污染物自動監測設備出現故障不能正常使用的，排污單位或是運營企業必須在出現故障后十二小時內向型有管轄權的監督管理組織匯報，并立即維修，確保在五個工作中日內恢復過來。運作停止運營期內，排污單位或是運營企業應當按照有關規定和技術規范，采用手工檢測等形式，對污染排放情況實時監測，并報送統計數據。
再根據要求：污染物自動監測設備維修、拆換，必須要在48小時之內修復自動監測設備正常運轉，設備不能正常運行期內，應采取人力取樣檢測的方法申報數據信息，數據報送每日不得少于4次，間距不能超過6鐘頭。
此外還有2017年環保部公布《固定污染源煙氣（SO2、NOx、顆粒物）連續排放監測技術規范》所規定的煙氣在線監測系統軟件出現異常或其他問題的現象：
CEMS必須停止使用、拆卸更換的，應當事先報檢主管部門批準。
運作企業發覺故障或收到常見故障通告，需在4h內到達現場予以處理。
對于一些非常容易確診的故障，如閥門控制失效、膜裂損、供氣阻塞、數據采集儀卡死等，可攜帶專用工具或是配件到現場進行目的性檢修，該類故障處理時長不得超過8h。
若文件存儲/溫度控制儀出現故障，需在12h內修補更換新，并確保已采集的數據不丟失。
監測儀器因常見故障無法正常收集、傳送數據時，應及時向主管機構匯報，缺失數據按12.2.4予以處理。
煙氣在線監測設備出現異常后需在48小時之內恢復過來運作，若不能在48小時之內回應在線監控系統的正常使用，就需要定期做4次手工檢測并上傳數據，間隔不得超過6h（手工制作檢測費由排污單位擔負）。
